菜籽油期货进行标准仓单期转现的流程如下：

1.持有同一交割月份合约的买卖双方达成期转现协议，并填写《期货转现货协议表》。买方在提交期转现申请前，需确保可用资金大于等于除保证金占用以外的剩余货款的20%；

2.在每个交易日的下午14时之前，买卖双方通过交易所会员服务系统向交易所提交期转现申请；

3.交易所对提交的期转现申请进行审查，符合条件的予以批准，并在批准当日将买卖双方期货头寸平仓；

4.若使用标准仓单进行期转现，批准日的下一交易日，买卖双方需到交易所办理仓单过户和货款划转手续。交易所将货款的80%付给现货卖方的会员，余款在现货卖方的会员提交了发票后结清；

5.增值税专用发票由卖方客户向买方客户按照双方商定的交货价格开具，并以仓单转让结算清单作为依据。