甲醇期货套期保值风险包括有：

1、流动性风险：是指期货合约缺乏流动性给套期保值者带来的风险。

2、基差风险：套期保值业务形成了期货和现货的对冲，不存在绝对的价格风险，但仍然要面对期货和现货价格变化不同步的风险，即基差风险。基差风险是影响套期保值交易效果的主要风险。

3、操作风险：主要是企业自身的因素，由不完善的内部流程、员工、系统以及外部事件导致损失的风险，包括员工风险、流程风险、系统风险、外部风险、保证金风险等。

4、交易制度风险：由于企业对于交易所品种交割、套期保值额度申请制度的不熟悉带来的风险。

为了控制甲醇期货套期保值风险，可以采取以下方法：

1）根据自身生产经营情况，选择适当交割月份和流动性好的期货合约，做好基差研究，减少基差风险对套保效果的影响。

2）完善企业套期保值内控制度。合理的授权安排，明确的报告制度，完善的业务流程，尽职专业的操作人员，充沛的资金是减少企业套期保值操作风险的重要条件。

3）熟悉交易所品种交割和套期保值制度，根据企业自身情况提前申请好套保额度，熟悉品种交割流程，为交割做好准备。